
Mit der Bündelung von Bauarbeiten während eines Wochenendes hatte die Bahn erstmals im Mai 2017 gute Erfahrungen gemacht. Damals funktionierte der Ersatzfahrplan zuverlässig. Die Bündelung von Bauarbeiten auf eine 54-stündige Vollsperrung an einem Wochenende ist wesentlich effektiver, als solche Arbeiten über viele Tage und Nächte zu verteilen. Die Fahrplaneinschränkungen für Reisende sind in Summe deutlich geringer. Die Bahn nutzt die Gleissperrungen unter anderem, um mit einem Spezialtransport einen Trafo am Hauptbahnhof zu wechseln oder den wichtigsten Überflutungsschutz, das Wehrkammertor, unter der Isar zu inspizieren. Arbeiten an Gleisen und Weichen stehen ebenso an wie die Reparatur der Oberleitung. Außerhalb des Tunnels werden Vorarbeiten für die 2. Stammstrecke durchgeführt, beispielsweise auch Grünschnitt zwischen Laim und Donnersberger Brücke. Die Tunnelstationen werden grundgereinigt und Deckenarbeiten erledigt.
S-Bahnen beginnen und enden in Pasing, am Haupt- oder Ostbahnhof
Von Westen fahren die S-Bahnlinien S1, S2 und S6 ohne Halt an den Stammstreckenstationen zum Hauptbahnhof. Dabei verkehren die Linien S1 Freising/Flughafen und S2 Petershausen im 30-Minutentakt. Zwischen Dachau und Altomünster pendelt die S2 im Stundentakt. Die Linien S3 und S4 beginnen und enden in Pasing. Die Linie S7 Wolfratshausen fährt regulär bis zur Donnersbergerbrücke und direkt oberirdisch in den Hauptbahnhof. Die Flughafenlinie S8 hält nicht zwischen Pasing und Ostbahnhof und lässt den Halt Leuchtenbergring aus. Von Osten kommend beginnen und enden die Linien S2, S3, S4 und S7 am Ostbahnhof. Die S8 fährt direkt vom Ostbahnhof nach Pasing.
Die ausfallenden Züge werden durch Busse im Schienenersatzverkehr (SEV) ersetzt. Sie fahren tagsüber im 5-Minuten-Takt, frühmorgens und spätabends alle 10 oder 15 Minuten. Sie halten bis auf zwei Ausnahmen an den bekannten Stationen. Wegen der beengten Straßensituation am Marienplatz halten die SEV-Busse am Odeonsplatz. Dadurch ändert sich auch die Haltestelle am Karlsplatz (Stachus); sie wird zum Lenbachplatz verlegt. Die komplette Fahrzeit der Busse beträgt zwischen Pasing und Ostbahnhof rund 50 Minuten. Wer schneller den Münchner Hauptbahnhof erreichen will, kann ab Pasing, Dachau oder Ostbahnhof auch die Regionalzüge benutzen. Die Züge des Fern- und Regionalverkehrs sind von der Stammstreckensperrung nicht betroffen.
Natürlich stehen als Ausweichmöglichkeiten auch die U-Bahnen und Straßenbahnen zur Verfügung. Die U-Bahnlinie U5 wird verstärkt und fährt am Samstag tagsüber im 5-Minuten-Takt. Der Takt der Trambahnen zwischen Westendstraße und Pasing wird am Samstag und Sonntag tagsüber auf einen 5-Minuten-Takt verdichtet. Die Zugänge zu den Tunnelstationen sind während der Bauarbeiten versperrt. Helfer im Auftrag der S-Bahn München weisen den Fahrgästen den Weg zur Bushaltestelle oder informieren über alternative Fahrmöglichkeiten. Alle Fahrplanänderungen sind in der elektronischen Fahrplanauskunft im Internet und an den Fahrkartenautomaten bereits berücksichtigt. Busfahrpläne und Streckenübersichten sind an den Bahnhöfen ausgehängt; ebenso Wegweiser zu den Bushaltestellen. Fahrplaninformationen sowie Lageskizzen der Bushaltestellen finden die Fahrgäste im Internet unter www.s-bahn-muenchen.de oder über die App der S-Bahn München „München Navigator“. Telefonisch ist der Kundendialog der S-Bahn München unter der Rufnummer 089 20355000 zu erreichen.